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无菌室一般为4 — 5 平方米、高 2.5 米的独立小房间（与外间隔离），专辟于微生物实验室内，可以用板材和玻璃建造。无菌室外要设一个缓冲间，电子车间净化工程，错开门向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭、室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，车间净化，才能对某种特定的已知微生物进行研究。所以控菌能力和控菌稳定性是无菌室的核心验收指标。业内通行的验收标准为100级洁净区平板杂菌数平均不得超过1个菌落，10000级洁净室平均不得超过3个菌落，但由于持续稳定性难以测试，所以国内净化工程企业经常出现3年翻新现象，导致性价比缩水；而国际品牌工程，gmp车间净化工程，由于普遍按欧美环境指标执行，很难考虑国内建筑材料适应性，所以也经常发生稳定性失常状况。
洁净室之建筑主体构造，一般是用钢筋或骨水泥，但无论是何种构造，必须满足如下之条件：
(1)不会因温度变化与振动而发生裂痕。
(2)不易产生微尘粒子，且很难附着粒子。
(3)吸湿性小。
(4)为了维持室内之湿度条件，热绝缘性要高。
进入洁净区的空气，经过初效(又称粗效)、中效、高效三级过滤器过滤，食品车间净化，使空气达到所要求的洁净级别。由于高效过滤器可以滤除<1μm(微米)的尘埃粒子，对细菌的穿透率为10-6，所以通过高效过滤器的空气，可视为无菌。
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